В феврале 1944 г. директором Центрального научно-исследовательского дезинфекционного института (ЦНИДИ) был назначен Василий Игнатьевич Вашков, который внёс огромный вклад не только в развитие самого учреждения, но и дезинфекционной науки в целом.

К началу Великой Отечественной войны ЦНИДИ уже сложился как единый научный и методический центр по дезинфекции, дезинсекции и дератизации. Когда началась война, в институте происходила перестройка в связи с сокращением объёма работ, а в декабре 1941 г. институт был эвакуирован в Казань, где продолжал работу в течение полутора лет. В мае 1942 г. в Москве вновь были созданы подразделения, проводившие исследования по разработке новых дезинфекционных средств, простейших дезинфекционных камер и камерной дегазации, а через год, в мае 1943 г., институт был полностью реэвакуирован из Казани. В этот период научный кадровый потенциал института состоял всего из одного доктора биологических наук – профессора, одного кандидата медицинских наук – профессора и восьми кандидатов медицинских и биологических наук.

К моменту назначения на должность директора ЦНИДИ В.И. Вашков уже состоялся как учёный, чьи научные интересы охватывали актуальные проблемы гигиены, микробиологии и эпидемиологии. А после 1944 г. основным направлением его работ стали  дезинфекционная практика и её научное обеспечение.

Особое внимание Василий Игнатьевич уделял проблемам дезинсекции. Под его руководством были разработаны и внедрены в практику хлорорганические и фосфорорганические инсектициды; начата разработка препаратов на основе пиретроидов, изучены разные формы применения инсектицидов, репеллентов и гормональных препаратов, освещена проблема устойчивости насекомых к хлорорганическим и фосфорорганическим соединениям. Разрабатывались методы и тактика борьбы с различными видами членистоногих, в  том числе профилактика малярии, крымской геморрагической лихорадки, клещевого вирусного энцефалита и других инфекций.

Особое внимание уделялось изучению антимикробной активности и механизму действия средств дезинфекции различных химических групп, профилактике внутрибольничных инфекций в родовспомогательных учреждениях, санитарно-гигиеническим мероприятиям в герметично закрытых помещениях.

Неоспорима роль В.И. Вашкова в организации исследований по стерилизации. Под его руководством изучались способы стерилизации изделий медицинского назначения, эффективность методов стерилизации: газового, лучевого, термического и с помощью химических стерилизующих растворов; газового метода стерилизации для космических объектов; лучевого и газового методов для промышленной стерилизации изделий однократного применения.

Как учёный и организатор медицинской науки и практики В.И. Вашков уделял внимание разработке дезинфекционной и стерилизационной техники и аппаратуры. В ЦНИДИ были разработаны распылители для порошков и растворов: дезинфекционная установка на мотоцикле (КДУ), электрическая камера ЦНИДИ; автомобиль дезинфекционной службы, автоклавы с полуавтоматическим и автоматическим управлением (АШДВ, АПШ-560 и другие).

В области дератизации под руководством В.И. Вашкова изучали активность новых родентицидных препаратов (крысида, фторацетата бария и натрия, зоокумарина и др.);  метод применения ядов системного действия, обеспечивающих одновременную гибель грызунов и их эктопаразитов — клещей и блох в природных очагах инфекций; методы защиты электрических и телефонных проводов от повреждения их грызунами; принципы и организацию сплошной дератизации; эпидемиологическое значение грызунов.

Институт динамично развивался, расширяя области исследования, для чего были необходимы изменение и оптимизация его структуры.

В 1954 г. в институте был организован отдел противоэпидемической защиты. Под руководством В.И. Вашкова в этом отделе были разработаны методы обеззараживания объектов внешней среды, средства и методы обеззараживания зданий, сооружений, почвы, дорог, воды, пищевых продуктов и других объектов. В 1956 г. был создан отдел профилактической дезинфекции для обеспечения научно-методического руководства отделениями профилактической дезинфекции при санитарно-эпидемиологических и дезинфекционных станциях.

В 1957 г. в структуре института был образован отдел камерной дезинфекции и дезинфекционной аппаратуры, а в 1960 г. в этом отделе организовали группу по стандартизации и нормализации дезинфекционной аппаратуры и оборудования.

В.И. Вашков, понимавший актуальность задач стерилизации для здравоохранения и невозможность их решения без единого научно-методического центра, обосновал целесообразность передачи направления стерилизации в Центральный научно-исследовательский дезинфекционный институт. При участии учёного в 1969 г. институт был переименован во Всесоюзный научно-исследовательский институт дезинфекции и стерилизации.

Для выполнения заданий Минздрава СССР, Министерства обороны СССР и других ведомств в 1970 г. в Москве было построено новое здание института (Научный проезд, 18). В 1967 г. была создана лаборатория стерилизации и камерной дезинфекции в составе отдела дезинфекции, а в 1973 г. эта лаборатория расширилась до отдела стерилизации с несколькими лабораториями.

В отделе дезинфекции были организованы лаборатории для обоснования и разработки дезинфекционных мероприятий при бактериальных, вирусных и особо опасных инфекциях; лаборатория по изучению активности и механизма действия новых дезинфицирующих средств.

С учётом эпидемиологического значения членистоногих как переносчиков и резервуаров сохранения возбудителей многих инфекционных болезней в отделе борьбы с членистоногими, имеющими медицинское значение, были созданы: лаборатория по разработке тактики борьбы с членистоногими, имеющими медицинское значение; лаборатория новых дезинсекционных средств; лаборатория по борьбе с членистоногими в открытой природе; лаборатория по борьбе с клещами и группа по изучению репеллентов.

С целью углубления исследований и внедрения в практику новых инсектицидов, дезинфектантов и разработки форм их применения в химическом отделе создали лабораторию синтеза бактерицидов, лабораторию синтеза инсектицидов, лабораторию форм применения и технологии препаратов.

В 1980-х гг. впервые под руководством В.И. Вашкова были организованы исследования по разработке аэрозольного метода дезинфекции, создан отдел аэрозолей. На основе исследований, выполненных этим отделом в комплексе с другими подразделениями и учреждениями, отечественная промышленность стала выпускать аэрозольные баллоны для дезинсекции и дезинфекции, а в дальнейшем – аэрозольные распылители.

В научно-организационном отделе создали лабораторию очаговой дезинфекции и лабораторию профилактической дезинфекции, а для изучения токсичности средств дезинфекции, дезинсекции, дератизации, стерилизации и обоснования мер защиты при работе с указанными препаратами была сформирована лаборатория токсикологии.

Выполнение многоплановых исследований невозможно без высококвалифицированных научных кадров. Понимая эту проблему, В.И. Вашков организовал подготовку научных кадров специалистов-дезинфекционистов. По его инициативе ежегодно штат института пополнялся молодыми сотрудниками – врачами, микробиологами, эпидемиологами, химиками и другими специалистами. Это позволило  создать школу учёных-дезинфекционистов, многие из которых стали не только высококвалифицированными специалистами, но и руководителями научных подразделений и организаций, профессорами и доцентами.

В.И. Вашков считал, что важнейшие условия успеха в области дезинфекции –  обобщение опыта практических работников и широкое привлечение их к научной деятельности. Жизнь показывает, что именно здесь, в рядах дезинфекционных работников, рождаются новаторские инициативы, ценные рационализаторские предложения, новые научные идеи. Поэтому научно-организационный отдел института, привлекая другие подразделения, проводил планирование и контроль выполнения научно-практических работ в специально созданных научных лабораториях и дезинфекционных станциях союзных республик.

Особую роль играли и организованные В.И. Вашковым Всесоюзные научные конференции по проблемам дезинфекции, стерилизации, дезинсекции и дератизации и тематические совещания для специалистов, на которых обсуждали исследования, выполненные научными и практическими работниками, намечали пути решения актуальных задач.

Для оказания практической помощи в организации и проведении противоэпидемических и дезинфекционных мероприятий В.И. Вашков выезжал в  регионы нашей страны и за рубеж (Англию, Японию, ГДР, ФРГ, Болгарию, Чехословакию, Польшу, Китай), где был широко известен и глубоко уважаем как крупный специалист в области дезинфекции.

За успешную научно-исследовательскую работу, руководство институтом и оказание практической помощи органам здравоохранения в проведении работ по предупреждению и ликвидации инфекционных и паразитарных болезней в нашей стране В.И. Вашков был награждён орденами и медалями СССР и зарубежных стран. За большую помощь, оказанную Корее и Китаю, — Орденом «Государственного Красного Знамени Корейской Народной Республики 2-й степени» и Медалью «Китайско-Советской дружбы», имел звание «Почётный член Чехословацкого медицинского общества им. Я.Э. Пуркине».

Василий Игнатьевич Вашков, родившийся в крестьянской семье, благодаря своему труду, таланту, преданности профессии прошёл славный путь до доктора медицинских наук, профессора, заместителя министра здравоохранения СССР, известного учёного – эпидемиолога, дезинфекциониста. Под его руководством и при непосредственном участии выполнялись многоплановые научные исследования, новизна которых защищена 20 авторскими свидетельствами. Результаты работ отражены в 300 научных трудах, 20 руководствах, монографиях и многочисленных инструктивно-методических документах, подготовленных им лично или в соавторстве. Под его руководством и при научном консультировании выполнены и защищены диссертации – 10 докторских и 54 кандидатских.

Работая директором вначале ЦНИДИ, а затем ВНИИДиС, профессор В.И. Вашков внёс значительный вклад в становление, укрепление и развитие института как головного научного и методического центра дезинфекционного дела страны, развитие этого научного направления в целом, создал основы формирования самостоятельной области медицинских знаний и отдельной специальности — дезинфектологии.

Сегодня сотрудники Института дезинфектологии ФБУН «Федеральный научный центр гигиены им. Ф.Ф. Эрисмана» Роспотребнадзора, используя весь накопленный опыт и сохраняя традиции, продолжают работу и развивают на основе новых технологий заложенные выдающими учёными и организаторами направления неспецифической профилактики инфекционных и паразитарных болезней для обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения и биологической безопасности нашей страны.